بودجه عمومی هر کشور سند پیش ‏بینی برنامۀ کوتاه‏ مدتی (یک‏ساله) است که اجرای درست آن از شاخص‏ های موفقیت اقتصادی هر دولت محسوب می‌شود. دولت‌ها به دلایل مختلف در اجرای بودجه متوازن ناتوان هستند و برای تامین مخارج جاری و عمرانی خود با کسری بودجه مواجه می‌شوند. هدف این پژوهش، بررسی عوامل موثر بر کسری بودجه در پنج برنامه توسعه اقتصادی است. برای دستیابی به این هدف، اثر درآمدهای مالیاتی، درآمدهای نفتی، مخارج دولت، نرخ رشد اقتصادی، و نرخ تورم را بر کسری بودجه در سال‌های 1394-1368 با استفاده از روش هم‏ انباشتگی یوهانسون‌ـ‌جوسیلیوس و تکنیک ARDL و میزان تاثیرگذاری هر یک از متغیرها، مورد تحلیل قرار می‌گیرند. نتایج پژوهش نشان می‌دهند که کسری بودجه با درآمدهای مالیاتی، نفتی، و نرخ رشد اقتصادی رابطه منفی و معنادار و با مخارج دولت و نرخ تورم رابطه مثبت و معناداری دارد. در ضمن، درآمدهای نفتی بیش‏ترین، و نرخ رشد اقتصادی کم‏ترین اثر را بر کسری بودجه عمومی کشور می‏ گذارند.