از جمله مشکلات اصلی نظام کنونی تخصیص منابع مالی در کشور، می‌توان به نامشخص بودن ارتباط سیاست‌های تخصیص منابع مالی با شاخص‌های اقتصادی و کم توجهی به تخصیص منابع مالی بر حسب اولویت طرح‌ها، فقدان مکانیزم کنترل شده تخصیص منابع مالی با هدف کاهش و یا حذف انحراف عملکرد از اهداف برنامه‌ریزی شده، و فقدان شاخص همترازی پرداخت به طرح‌ها و راهکارهای اجرایی در طول دوره برنامه اشاره کرد. در این مقاله، الگویی برای تخصیص برنامه‌ای منابع مالی با هدف فائق آمدن به این مشکلات طراحی و ارائه می‌گردد. این الگو از سه بخش اصلی تشکیل شده است: بخش اول، دربرگیرنده برنامه توسعه میان‌مدت است که در آن در چارچوب برنامه‌ریزی سلسله مراتبی، اهداف، سیاست‌ها و راهکارهای اجرایی تعیین، و اولویت‌بندی می‌شوند. بخش دوم، سیستم کنترل کننده است که دربرگیرنده معادلات فضای حالت (برای تبیین روابط میان سیاست‌های تخصیص و شاخص‌های عملکردی) و کنترل است و مقادیر قابل تخصیص بهینه برای سیاست‌های برنامه توسعه را در طول دوره برنامه به دست می‌دهد. بخش سوم الگوی تخصیص منابع مالی الگوی برنامه‌ریزی آرمانی با دو دسته هدف کلی و مجموعه‌ای از توابع محدودیت است که وظیفه تعیین بهینه مقادیر قابل تخصیص در هر سال را به راهکارهای اجرایی در برنامه توسعه به عهده دارد. الگوی طراحی شده برای سازمان منطقه آزاد کیش و تعیین مقادیر قابل تخصیص به راهکارهای اجرایی تعیین شده در برنامه توسعه این منطقه آزمون شده است.